Sika Halsund syrgir guðföður sinn sárt eftir að hann deyr í eldsvoða. Þegar kemur í ljós að um íkveikju var að ræða fer Sika að grafast fyrir um orsakirnar. Hún uppgötvar óvænt tengsl milli eldsvoðans, innbrots í Illulissat-kirkjuna og dularfulls andláts fjarri Grænlandi.
Blaðamaðurinn Þormóður Gíslason reynist einnig vera að rannsaka málið en út frá öðrum forsendum. Þegar þau Sika taka höndum saman komast þau á snoðir um eldfimmt leyndarmál sem kann að tengjast rannsóknum guðföður Siku á heimsstyrjaldarárunum síðari á Grænlandi.
Skipið úr Ísfirði er þriðja bókin um Sika Haslund í sjálfstæðum flokki glæpasagna sem gerast á Grænlandi eftir danska rithöfundinn Ninu von Staffeldt. Fyrri bækurnar tvær eru Frosin sönnunargögn, sem hlaut verðlaun Det Danske Kriminalakademis sem besta frumraun ársins, og Svarti engillinn.