Við kynnumst Max Eisenhardt þar sem hann er ungur drengur af gyðingaættum í Þýskalandi í aðdraganda heimstyrjaldarinnar síðari. Það sem Max veit ekki er að hann er stökkbreyttur. Hann hefur krafta sem aðrir eru ekki með. ͍ heimi þar sem fordómar ríkja gegn fólki sem er öruvísi, þarf Max að berjast fyrir lífi sínu á hverjum degi.
Eftir að heimstyrjöldinni lýkur fæðast fleiri stökkbreytir einstaklingar og ríkisstjórnir víða um heim vita ekki hvernig á að höndla þessar aðstæður. Þegar ríkisstjórn Bandaríkjanna fer að handsama stökkbreytt börn, reyna Logan - einng þekktur sem Wolverine og Victor Creed - einnig þekktur sem Sabretooth - að finna leiðir til þess að bjarga þeim. Þeir reyna að fá fleiri í lið með sér, þar á meðal Max Eisenhardt sem nú ber nafnið Magneto! Ná þeir að stoppa ógnina sem þau standa frammi fyrir - þar á meðal Sentinel vélmennin?